| 日期 | 紀事 |
| 99.1.1 | 承辦教育部海事水產職業類科群科中心學校。 |
| 99.2.1~99.2.5 | 協辦99年全國高級中等學校童軍社團暨四健會聯合大露營，負責大勇營區營務工作，地點：國立屏東科技大學。 |
| 99.3.20~99.3.21 | 承辦屏東縣99年童軍節慶祝大會活動。 |
| 99.3.18 | 協辦98學年南區優質化學校校際經驗交流觀摩活動。 |
| 99.3.27 | 全國漆彈大作戰活動，榮獲第六名。 |
| 99.3.29 | 三年級包高中活動。 |
| 99.4.15 | 承辦98學年屏東縣高級中等學校春暉盃漆彈運動比賽。 |
| 99.4.16 | 49週年校慶。 |
| 99.4.29 | 第50屆國立暨縣(市)公私立高級中等學校第六分區科學展覽會，輪機科作品「東港地區熱島效應之研究」，榮獲「高中組-地球科學科」佳作；輪機科作品「定速控制模組於機器腳踏車之應用」，榮獲「高職組-機械科」佳作；電子科作品「徐風吹來--風扇轉速控制器」，榮獲「高職組-電子、電機及資訊科」佳作。 |
| 99.6.21 | 通過ISO9001、ISO14001國際認證 |
| 99.7.5~99.7.8 | 承辦99年南區高級中等學校海洋文學體驗營。 |
| 99.8.1 | 本校教務主任陳得興先生榮任屏東縣來義高中校長。 |
| 99.11.1 | 東水簡訊創刊號發行。 |
| 99.11.3 | 本校為屏東縣推動環境保護教育績優學校，趙主任怡然榮獲99年推動環境保護教育高中職校特優教師，獲總統接見頒獎。 |
| 99.11.5 | 教育部全國全民國防教育實彈射擊賽競活動，榮獲第二名。 |
| 99.11.10 | 東水環保雙月刊創刊號發行。 |
| 99.12.6 | 本校交通安全教育評鑑評列優等。 |
| 99.12.9 | 全國海事水產類科學生技藝競賽，本校榮獲航運管理職種團體第二名、輪機職種團體第二名。 |
| 99.12.16 | 全國家事類科學生技藝競賽，本校榮獲烹飪職種優勝第10名。 |
