本校原為省立高雄水產職業學校東港分部，創設於民國50年8月；於57年8月奉准獨立設校，校名為「台灣省立東港高級水產職業學校」。至69年8月因增海事類科有成，奉令改名為「台灣省立東港高級海事水產職業學校」；民國89年2月1日，奉令改制「國立」。　　

　　本校首任校長為姜亞夫先生，歷經尚文彬先生、陳宣經先生、林亨華先生、俞朝慶先生、邱連治先生、許耀文先生、林宜賢先生、黃再鴻先生、林明山幾任校長努力經營，112年8月由洪嘉皇先生 接任為第11任校長。